Nació en Praga (República Checa) en 1920, y pasó gran parte de su vida en Brasil, luego de que toda su familia de origen, conformada por judíos intelectuales, fuera exterminada por los nazis. En San Pablo, donde vivió por más de tres décadas antes de volver a emigrar a Europa, fue profesor de Filosofía del Lenguaje, Cine y Teoría de la Comunicación, y escribió durante años una columna en el periódico Folha de São Paulo

Su producción es vasta y fue escrita en varias lenguas, sobre todo en alemán, portugués e inglés. Gracias a su libro más difundido, Hacia una filosofía de la fotografía (conocido también como Filosofía da caixa preta), publicado en alemán en 1983 y traducido a catorce idiomas, se transformó en una referencia ineludible para los estudios sobre los nuevos medios de comunicación y las sociedades de la información. Murió en 1991 en un accidente automovilístico. El Archivo-Flusser de la Academia de Artes y Medios se encuentra en Köln, Alemania.